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一、病毒病害
黑莓病毒病害發生遍及黑莓產地，侵染黑莓的病毒種類很多，以下僅列出嚴重影響黑莓經濟價值的病毒種類：
1．蚜虫傳播的病毒 主要有由膨管蚜 (Amphorophora idea Bom和A．agathonica Hottes)傳播的懸鉤子黃網病毒RYNV(Rubus yellow net vires)、 BRNV(Black raspberry necrosis virus)、 RLSV(Raspberry leaf spot virus)和RLMV(Raspberry leafmottle virus)，四種病毒通常單獨或復合侵染黑莓，引起花葉、沿脈褪綠花葉病等，嚴重阻礙了黑莓的生長並引起果實大幅度減產。
侵染黑莓的蚜傳病毒還有樹莓脈褪綠病毒RVCV(Raspberry vein chlorosis vires)，由蚜虫(Aphis idaei)傳播，1952年首次在甦格蘭發現，隨後，在加拿大、歐洲、新西蘭等國相繼發現。症狀是葉脈褪綠，長勢減弱，果重減輕，在一些品種上還表現為果實早熟，花粉敗育；樹莓卷葉病毒RLCV(Raspberry leaf curl virus)， 由蚜虫 (Aphis rubicola Oestlund)傳播，黑莓表現葉曲、矮化。
2．線虫傳播的病毒 主要有由美洲劍線虫(Xiphinema americanum Cobb)傳播的番茄環斑病毒TomRSV(Tomato ringspot virus)和煙草環斑病毒TRSV(Tobacco ringspot virus)，葉片的黃化環斑，病果易碎；由裂尾劍線虫 (J．diversicaudatum (Micoletzky))傳播的擬南芥菜花葉病毒AMV(Arabis mosaicvirus)和草莓潛環斑病毒SLRV(Strawberry latent ringspot virus)。
3．花粉傳播的病毒 RBDV (Raspberry bushy dwarf virus)， 主要侵染黑、樹莓的雜交種，這是，一種只侵染懸鉤子的花粉傳、種傳病毒，敏感寄主葉片嚴重黃化，果實易碎，長勢減弱，與 BRNV復合侵染引起寄主的矮化症狀。煙草線條病毒TSV(Tobacco streak virus)是一種由花粉和薊馬傳播的、寄主很廣氾的病毒，侵染黑莓和樹莓亞屬的許多種，患病黑莓長勢弱、營養枝比健康黑莓的營養枝少32％，病害發生普遍，感染率高達100％。
4．傳播機制尚不清楚、不確定的病毒櫻桃卷葉病毒CLRV(Cherry leaf roll virus)是一種寄主很廣氾的病毒，症狀為果枝矮縮、 、葉畸型，二年生枝條的葉片表現嚴重的褪綠斑和環斑。
病毒病害的防治主要通過種植抗病品種、無毒苗木生產，控制傳播介體來進行。
二、真菌病害
1．葉部主要病害
黑莓葉鏽病：病原是紫色多孢鏽菌 (Phragmidium violaceum (Schutlz) Winter)，病害發生相當普遍，遍佈歐洲及中西部地區。病毒防治主要是培育抗病品種，結合化學防治，殺菌劑主要為代森錳鋅和三唑酮。
橙鏽病：是一種重要的、毀滅性的系統侵染病害，病原是懸鉤子裸雙孢鏽菌 (Gymnoconia peckiana)，美國北部直立黑莓受害比較嚴重：葉剛伸展時，葉小而畸型，秋天葉片變黃前葉片的背面出現許多橘黃色的水泡，約2周后，在葉片上留下黃色管狀物，病害防治比較困難。
晚黃鏽病： 病原是美國膨痂鏽菌 (Pucciniastrum amelicanttm)，主要侵染紅樹莓、樹莓和黑莓的雜交種，在寄主生長後期發生，病葉的葉面覆蓋着橘黃色的孢子層，后變成棕色， 脫落，果實上也可以形成孢子，云杉屬植物是其轉主寄主，一般在大氣污染的情況下易發生。
霜霉病：病原是霜霉屬真菌(Peronospora rubi)和P．sparsa)，野生和栽培的黑莓上及樹莓和黑莓的雜交種上都有該病發生，症狀基本相同：葉子上形成有稜角的紫紅色裂紋，邊緣淡黃色，隨即分散在葉子表面，通常下部葉發病較重、並伴隨有無性孢子。在新西蘭和南非，該病又稱為乾果病，果實發育緩慢，成熟期異常不一致，防治方法主要為栽植抗病品種和化學防治。
2．莖部主要病害
梢枯病：枝條坏死和枝條梢枯是栽培黑莓上一種常發的、重要的病害，病原是日規殼屬真菌(Gnomonia rostellata)，病株的樹皮上出現暗紫色的橢圓形病斑，逐漸聯在一起，形成大麵積的坏死斑。
煤污病：病原是Geastrumia polystigmatis，主要發生在美國等地。
炭疽病：病原是覆盆子痂囊腔菌(Zlsinoe veneta)，在歐美等地均有發生，莖上出現淺棕色的裂斑，病斑邊緣紅色，病情嚴重時，病菌長滿莖稈，秋天患病的莖稈呈灰色，冬天感病可能 。春天當芽長到6mm時噴藥，開花前再噴一次藥能控制病害的發生。
潰瘍病：是黑莓上的常見病，發病率高達100％。 病原菌主要有： 擬莖點霉 (Phomopsis vepris)、 小球腔菌屬 (Leptosphaeria coniothyium)、日規殼屬真菌 (Gnomonia rubi)、 葡萄座腔菌屬 (Botryosphaeria obtusa)、葡萄座腔菌(且 dothidea)。防治方法主要為化學藥劑防治。
輪枝菌萎蔫病： 由輪枝孢屬真菌 (VerticiUium albo-atrum)引起，該病菌寄主範圍廣，為土壤傳播病害，因此防治主要通過輪作和土壤燻蒸。
3．花和果的主要病害
灰霉病：病原是灰葡萄孢(Botrytis cinerea)，灰霉病是一種很普遍的病害，病菌在氣溫低、天氣潮濕時從花器侵入，到果實成熟時錶現症狀，灰霉病的防治主要採用化學防治，但由於病菌對殺菌劑的抗藥性問題，在藥劑的選擇上應注意輪換用藥。
叢簇病：又稱雙花病，是南美黑莓上一種很重要的病害，病原是小尾孢屬真菌 (Cercosporella rubi，不同的品種感病程度不同，因此在防治上主要採用種植抗病品種和化學防治。
4．根部主要病害
根部病害主要為根腐病，病原是茄絲核菌 (Rhizoctonia solani) 和疫霉屬真菌 (Phytophthora fragariae)，在歐美等地普遍發生。通過輪作、土壤消毒等方法防治。
三、細菌及植原體病害
1．細菌病害
木質部難養菌(Xylella fastidiosa)：木質部難養菌是一種只生活在木質部的寄生菌，能引起葡萄皮爾氏病以及苜蓿、杏、柑橘、桃樹和一些森林樹種的病害，是由刺吸韌皮部細胞的葉蟬傳播的，黑莓也是該菌的寄主。
火疫病：1977年美國人Ries-SM等人在伊利諾斯州的無刺黑莓上發現火疫病：病原為 Erwinia amylovora。病莖水漬狀，紫黑色，髓坏死，病果淺棕色，皺縮，堅硬，但不落果。
根癌病：歐洲黑莓種植園內的黑莓幾乎都受到根癌土壤桿菌 (Agrobacterium tumefaeiens)的侵染，老樁上出現菌癭，其防治也比較困難，主要採用生物防治。
2。植原體病害 70年代在荷蘭和意大利等國發現了類似病毒病的植原體病害，90年代中期科學家利用PCR和RFLP技術檢測，認為黑莓上的植原體屬於16sRNA組。研究還發現，正像寄生于人與動物的類菌原體致病性的表達一樣，植原體必須到達寄主的膜才能表現出致病性。
黑莓上除了上述主要病害外，還有大量零星發生的病害，包括線虫等，在不同的種植區病害的種類也各不相同。充分利用現代實驗技術和手段，明確病害發生的原因及相關因素，對防治病害、提高黑莓產值和產量具有重要的意義。
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